使用字尾樹設計特異引子挑選演算法之研究

A study on Specific Primer Selection Algorithms Using Suffix Trees

10.6302/JITA.200605_1(1).0004

陳華(Hua Chen)；侯玉松(Yu-Sung Hou)

引子 ； DNA微陣列 ； 聚合酶鏈鎖反應 ； 字尾樹 ； 特異性 ； primer ； DNA microarray ； PCR ； suffix tree ； specificity

Journal of Information Technology and Applications(資訊科技與應用期刊)

1卷1期（2006 / 05 / 01）

25 - 30

繁體中文

DNA晶片（DNA microarray）為近年來廣受眾人矚目的生物技術，在檢測過程中，需使用聚合酶鏈結反應（PCR）複製檢體，引子（primer）的挑選決定了實驗結果的好壞與成本，為了增進引子的特異性（specificity），一般引子長度設定為18－25鹼基對（bp），傳統使用雜湊（hash）法的引子挑選演算法，無法達到此長度範圍之引子選擇。本論文改採用字尾樹（suffix tree）演算法，改善雜湊法引子長度受限的問題。但是當引子長度越長時，其挑選出的引子數量也隨之增加，本論文加入引子特異性的判斷方式，保留特異性高的短引子，不足之處再以長引子取代，有效挑選出特異性高、引子數量少的引子集合。

DNA microarrays are very useful for analyzing gene expression of entire bacterial transcriptomes. Thousands of hybridizations can be run at the same time on a microarray. Before hybridization, the mRNA samples are often reversely transcribed into cDNA by random primers and are labeled with fluorescent dyes. Our algorithm can find primers of length ≥ 18 and select primers with high specificity by using suffix trees.