CONSTRUCTING FEATURE MODELS FOR CITRULLINATION SITES PREDICTION

Chi-Wei Chen; Chi-Chang Chang; Hui-Chih Hung; Hsung-Pin Chang; Yen-Wei Chu

doi:10.6220/joq.201806_25(3).0004

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P185 - 195

社会科学 > 管理学

DOI： 10.6220/joq

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CONSTRUCTING FEATURE MODELS FOR CITRULLINATION SITES PREDICTION

利用机器学习方法预测瓜胺酸化作用位置

陈启玮(Chi-Wei Chen) ；张启昌(Chi-Chang Chang) ；洪慧芝(Hui-Chih Hung) ；张轩彬(Hsung-Pin Chang) ；朱彦炜(Yen-Wei Chu)

品质学报； 25 卷 3 期 (2018 / 06 / 30) ， P185 - 195

英文 DOI： 10.6220/joq.201806_25(3).0004

citrullination ； peptidylarginine deiminase ； support vector machines ； genetic algorithms ；瓜胺酸化；胜肽精胺酸去亚胺酶；支持向量机；基因演算法

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摘要 │ 参考文献 (25) │ 国际计量

摘要〈TOP〉

Protein citrullination is catalyzed by peptidylarginine deiminase (PAD), during which the positive charge of arginine is changed to the neutral charge of citrulline. Some human diseases such as rheumatoid arthritis, autoimmune diseases, and Alzheimer's disease are known to be associated with PAD enzymes and citrullinated proteins. However, none of the existing prediction tools for citrullination have resulted in a good outcome. This study was conducted to evaluate the performance of the catalyzing rules of PADs, which have been described in previous studies. Machine-learning approaches were used to construct a prediction model for citrullination sites with eight features, i.e., catalyzing rules, sequence similarity, evolutionary information, physicochemical and biochemical properties of amino acids, secondary structure, and disorder and surface accessibility, which were derived from previous studies. We then designed small data modeling and proposed a feature model selection to construct the evaluation of feature model selection (FMS) model that could predict unknown citrullination candidates. Finally, our prediction model was able to achieve an accuracy of up to 0.90 and a Matthews correlation coefficient (MCC) of 0.80, while the selected features were almost similar to those in previous biological analyses.

并列摘要〈TOP〉

参考文献 ( 25 ) 〈TOP〉

Anzilotti, C.,Pratesi, F.,Tommasi, C.,Migliorini, P.(2010).Peptidylarginine deiminase 4 and citrullination in health and disease.Autoimmunity Reviews,9(3),158-160.
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Atchley, W. R.,Zhao, J.,Fernandes, A. D.,Druke, T.(2005).Solving the protein sequence metric problem.Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America,102(18),6395-6400.
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Boeckmann, B.,Bairoch, A.,Apweiler, R.,Blatter, M.-C.,Estreicher, A.,Gasteiger, E.(2003).The SWISSPROT protein knowledgebase and its supplement TrEMBL in 2003.Nucleic Acids Research,31(1),365-370.

国际计量

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